科斯科重新建造起来作为帝国的首都和神圣的城市。帝国的社会组织是非常等级制的，这种观念影响了城市的设计布局。入侵者保留了原有的建筑，但同时又在这衰落的印第安城内建造了巴洛克风格的教堂和宫殿。科斯科是一座用巨大石头装饰外部与广场接壤的城镇。殖民者保持着泥瓦建筑的基础，并在此基础上采用了新的建筑结构。数量众多的狭窄的石板街道在印加泥瓦建筑的两个城墙间蜿蜒，就像石头走廊。巴洛克和混血人种的教堂的圆屋顶与城市广场毗邻。离市中心稍远的地方，分布着白色外墙的低矮民居。从建筑艺术上，其结构新颖而复杂，建筑庞大而坚固，是美洲印第安人最伟大的古建筑之一。