菲尼克斯群岛保护区是地球上“最健康”的珊瑚群岛之一，其岛屿数量众多，生活着800种动物，其中包括500种鱼类，18种海洋哺乳动物和44种鸟类。保护区生态系统的结构和功能显示了其原生态的本质，以及作为物种迁移路线与储藏库的重要性。菲尼克斯群岛保护区拥有十分丰富的海洋鱼群和鸟类，是地球上为数不多的原始珊瑚群岛生态系统之一，其规模也为世界最大之一。

　　菲尼克斯群岛保护区是南太平洋上海洋和陆地生物的栖息地。此外，区内还包括已知的14座海底山峰和其他深海栖息地