琼海早在四千多年前已有人居，古称玳瑁、朱卢、琼州和越州。

内战时期，革命先驱杨善集、王文明在这里点燃了革命火种，为琼崖23年红旗不倒建树了功勋。1931年5月1日，这里诞生了中国工农红军琼崖独立支队女子特务连—— 红色娘子军。她们先后打响了伏击沙帽岭、火烧文市炮楼、炮轰白石岭、喋血马鞍岭等重大战斗，屡立战功。以这支队伍为原型，改编成电影、芭蕾舞剧和电视剧。“向前进向前进，战士的责任重，妇女的冤仇深，古有花木兰替父去从军，今有娘子军扛枪为人民……”电影中这段耳熟能详的歌词给人们留下了深刻的印象，慷慨激昂的红色娘子军军歌也传唱到大江南北。

1992年11月6日，撤销琼海县，设立琼海市（县级市）。