国家级自然保护区：（林业系统） 1、武夷山自然保护区2、龙岩梅花山自然保护区3、将乐龙栖山自然保护区（非林业系统）：4、晋江深沪湾海底古森林自然保护区5、厦门珍稀海洋动物自然保护区6、漳州南靖虎伯寮自然保护区

省级自然保护区：（林业系统）
1、邵武市将石自然保护区、2、建瓯市万木林自然保护区
3、南平茫荡山自然保护区、4、云霄县漳江口竹塔红树林自然保护区
5、三明格氏栲自然保护区、6、沙县罗卜岩自然保护区
7、永安市天宝岩自然保护区、8、南靖县乐土自然保护区
9、龙海市红树林自然保护区、10、永春县牛姆林自然保护区
11、德化县戴云山自然保护区、12、闽清县黄楮林自然保护区
13、屏南县鸳鸯溪自然保护区、14、宁化牙梳山自然保护区
15、武平县梁野山南方红豆杉自然保护区、16、福安市刺桫椤自然保护区17、南靖县虎伯寮自然保护区
（非林业系统）：1、长乐海蚌、2、宁德观井洋 3、东山珊瑚自然保护区