对于三官的来历，一直说法纷纭。一种说以阴阳五行说解释三官之由来。认为三官起源与于金、水、土三气，盖天气主生、地气这成、水气主化，用于三界。而三时首月之望侯之，故曰三元。金为生，侯天气；土为成，侯地气，水为化，侯水气。三元正当三归宫，故曰三官一也。
另一种说法认为，原始天尊取始阳九气，清虚七气，辰浩五气，总吸入口，九九之期，觉其中融融会贯通，结成灵胎圣体，正月十五从口中吐出一子，又于七月十五再吐出一子，再于十月十五吐出一子，这三个儿子就是尧、舜、禺。因他们均有治理天下的莫大之功，被封为三官。
还有一种说法认为，“三官俱周幽王谏臣。”这三位谏臣是唐宠、葛雍、周武，又号“天门将军”，死后封神。
更为流行的说法是，三官大帝是受于真仙之骨的，他们的父亲姓陈，名子栋。为人聪俊美貌，娶了龙王的三个女儿为妻。三位龙女各生一子，个个神通广大，法力无边，被天尊封为治世的“三官”。大女儿之子被封为上元一品九气天官紫微大帝，居于玄都元阳七宝紫微士宫，总官士宫诸天帝王、士圣高真。三罗万象星君；二女儿之子封为中元二品七气地官清虚大帝，居于九土无极世界空清虚之宫，总管五岳帝君并二十四治山、九地土皇、四渎神君十二溪真、三河四海神君。
　上述不同说法，使我们看到了中国古代对天、地、水三种物质的自然崇拜，及其人格化、社会化轨迹，也看到了中国道教承袭原始神诉崇拜的递嬗。